Pel que fa a les aplicacions, les boles magnètiques es poden utilitzar per al desenvolupament intel·lectual dels nens, ajudant-los a comprendre les formes geomètriques i les estructures espacials; també poden ser utilitzats pels adults per alleujar l'estrès, permetent-los relaxar-se jugant amb les boles magnètiques; a més, les boles magnètiques s'utilitzen en experiments científics per demostrar els principis bàsics dels camps i les forces magnètiques.
Quan utilitzeu boles magnètiques, cal tenir en compte els punts següents: primer, com que les boles magnètiques tenen un fort magnetisme, eviteu col·locar-les a prop de dispositius electrònics per evitar interferències amb el seu funcionament normal; en segon lloc, les boles magnètiques no són adequades per a nens petits, ja que la deglució accidental pot causar greus problemes de salut; finalment, eviteu l'exposició prolongada de les boles magnètiques a altes temperatures, ja que això pot afectar el seu magnetisme.